Cuando los españoles acaudillados por Francisco Pizarro capturan al inca Atahualpa el 16 de noviembre de 1532 en la ciudad de Cajamarca, se inicia la dominación española en el Perú. Si bien el proceso de resistencia indígena es largo y lleno de vicisitudes, tanto para los españoles como para los naturales, se puede observar una rápida consolidación de la presencia española en todo el territorio. Los años iniciales estuvieron también convulsionados por las guerras entre los primeros conquistadores y por la resistencia frente a la llegada de autoridades de España, sin embargo a fines del siglo XVI, específicamente en el gobierno del Virrey Toledo, la organización del virreinato se había consolidado.La historia virreinal es muy larga, cubre casi 300 años y determina en el Perú una huella profunda en todas la manifestaciones de su proceso histórico posterior. Como virreinato era el centro del poder español en América del Sur, cubriendo un territorio gigantesco, que prácticamente solo excluía el Brasil portugués. Ese inmenso Perú subsistió hasta inicios del siglo XVIII, en donde poco a poco empezó a desmembrarse con la creación de los virreinatos de Nueva Granada (1739) y Río de la Plata (1768).
El poder político del Virrey era complementado con un régimen de Audiencias, las cuales se dedicaban a impartir justicia y en su caso, sustituir al Virrey; ellas abarcaban extensos territorios dentro de los límites del virreinato, subsistiendo hasta fines del siglo XVIII, cuando se transformaron en Intendencias. La creación en España del Consejo de Indias (1571), encargado de ver todo lo concerniente a los dominios españoles en América complicó, en diversos aspectos, la toma de decisiones y el ejercicio de autoridad en el virreinato, pues debía ser consultado, en muchos casos, lo cual unido a la distancia hacia engorroso cualquier trámite oficial.
Las ciudades fueron la columna vertebral de la dominación española y los centros de proyección cultural mas complejos; algunas fundadas sobre importantes centros urbanos incaicos y otras sobre nuevos emplazamientos, todas ellas sintetizaron los rasgos propios del lugar y el componente occidental europeo. En ellas la sociedad virreinal establecía sus relaciones y se organizaba de acuerdo a pautas bien definidas; existía una "República de españoles" y una "República de indígenas", siendo todos ellos vasallos del Rey de España. En las ciudades y en el campo vivían tanto españoles nacidos en la península como nacidos en el Perú, además de una masa indígena que comprendía diferentes estratos, entre ellos la nobleza incaica, reconocida como tal por la Corona, los caciques y autoridades locales y la masa popular; también estaban presentes numerosas formas de mestizaje que involucraban una parte muy importante de la población, sin olvidar la existencia de una minoría negra esclavizada; todas esas gentes convivían en un espacio extenso y pleno de riquezas.
La economía virreinal se fundaba en la explotación de los recursos naturales y humanos del país; favorecida en principio por la existencia de metales preciosos que llevaron a definir una imagen del Perú pleno de riquezas, se apoyaba también en otras actividades económicas como el comercio, la agricultura y la textilería, que alcanzó gran desarrollo hasta el siglo XVII. Es evidente que las condiciones beneficiaban a los propietarios europeos, a sus descendientes y a la Corona, que recibía su parte a través de los impuestos. Por otro lado, la aplicación de diferentes mecanismos de explotación, como el sistema de trabajo obligatorio llamado "mita", que afectó profundamente a la masa indígena, no lograron alcanzar niveles de rendimiento correspondientes.
La política de la Corona, los intereses de grupos contradictorios y la exagerada atención a la explotación de los metales preciosos, que solo le sirvieron a España para pagar sus cuantiosas deudas europeas, propiciaron la definición de una economía poco sólida, sujeta a la coyuntura y sin un marco teórico orientador. Esas condiciones generales se manifestaron hasta fines del siglo XVIII, cuando España intentó realizar en sus dominios americanos, reformas económicas profundas, que no hicieron mas que generar resistencias por parte de grupos de poder beneficiados por el antiguo sistema; dentro de ellos estaban los comerciantes limeños, quienes no quisieron perder sus privilegios y se resistieron a asumir los cambios.
La rebelión de Túpac Amaru en 1780 significó un punto de quiebre en el virreinato, pues liquidó las aspiraciones de la población fundamentalmente andina y a la vez acentuó la intención de la Corona en aplicar reformas profundas en el Perú. Si bien el espíritu rebelde de la masa indígena no desapareció por completo, la derrota y ajusticiamiento de Túpac Amaru, significó el fin de una larga historia de resistencias y rebeldía, así como también de un relativo equilibrio de paz social y convivencia. Con el final trágico de la rebelión llegaban otros vientos de cambio que sellarían el final de la dominación española.
